Tehničko veleučilište u Zagrebu · Zagreb

Računalno potpomognuto određivanje virusnih varijanti i heterogenosti virusne populacije

izvorni znanstveni rad

izvorni znanstveni rad

Računalno potpomognuto određivanje virusnih varijanti i heterogenosti virusne populacije

Vrsta prilog sa skupa (u zborniku)
Tip izvorni znanstveni rad
Godina 2022
Nadređena publikacija 2022 45th Jubilee International Convention on Information, Communication and Electronic Technology (MIPRO)
Stranice str. 1757-1761
ISSN 1847-3938
EISSN 1847-3946
Status objavljeno

Sažetak

Obrada velikih skupova bioloških podataka izuzetno je kompleksna zbog problema povezivanja biologije i računarstva kao dva odvojena polja istraživanja. Ovaj rad bavi se obradom podataka i otkrivanjem varijanti unutar populacije mikroorganizama virusa. Koriste se unaprijed pripremljeni skupovi podataka dobiveni sekvenciranjem genoma nad kojima se vrši pročišćavanje i obrada podataka kako bi se naposljetku izračunala Shannonova entropija i Nukleotidna raznolikost. Rezultati obrade podataka i izračuni Shannonove entropije i Nukleotidne raznolikosti su grafički vizualizirani kako bi se odredila heterogenost virusne populacije. Heterogenost virusne populacije pobliže naznačava mogućnost stabilnih mutacija virusa, što može utjecati na učinkovitost postojećih cjepiva. Rad pojašnjava kako je moguće iz velikog i ljudima nepreglednog skupa podataka dobiti vrijedne informacije o mutacijama unutar populacije virusa. Pomoću tehnike objašnjene u radu moguće je obraditi bilo koji skup podataka i izvući zaključke prilikom istraživanja virusa.

Ključne riječi

obrada podataka; pročišćavanje podataka; virusi; Shannonova entropija; nukleotidna raznolikost